有關紅茶菌有益人體健康的作用機理到目前為止還沒有完全搞清楚，但國內外的專家學者通過研究，從紅茶菌的性質和成分出發初步闡述了其作用機理。

1、清理腸胃，幫助消化，抑制有害菌，防治胃腸道疾病，預防結腸癌的發生。紅茶菌能降低胃的pH值，而胃腸道上部的酸化作用對健康很有益處，對胃腸道中的有害菌如與胃炎、胃潰瘍和胃癌有密切關系的幽門螺桿菌等有拮抗作用，還可以預防結腸癌的發生。Kim 等人(1994)在對腸道細菌的葡萄糖苷酶和葡萄糖苷酸酶的特性的研究中發現，這兩種酶的活性隨著pH 的升高而增強，在pH7時的活性是pH6時的5—10 倍，他們認為高pH值環境可以誘導這兩種酶的活性，從而導致結腸癌的發生。

5、紅茶菌中的葡萄糖酸能與重金屬結合形成水溶性復合物，幫助人體排出有害的重金屬元素。有研究表明新的紅茶菌飲用者尿中的重金屬含量增加。

6、紅茶菌中含有大量茶葉浸出物，因此紅茶菌具有茶的保健功效。如茶多酚是一種天然抗氧化劑，能延緩人體衰老；茶多酚具有抗輻射、抗炎癥等功能；茶中的綠原酸、兒茶素、VC、VE 等都有保護皮膚的功能。

從專業的角度來判斷，紅茶菌的主要功效成分來源是醋酸和茶葉的有效成分，以及微生物的代謝產物，如前面提到的葡萄糖醛酸、葡萄糖酸等物質成分。對紅茶菌的評價，也應該注意其安全問題。雖然紅茶菌是不加防腐劑的天然飲料，但其中所含的微生物以及非專業制作過程造成的污染也會引起副反應。

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